L'Hazama est un monde entre la vie et la mort, un univers où vivent les âmes errantes, des esprits qui ne peuvent ni monter au ciel, ni rester sur Terre. Black★Rock Shooter Innocent Soul raconte l'histoire de Rock. Cette jeune fille aux yeux d'un bleu profond est une Black Star, elle a pour mission de récupérer les âmes qui tentent de s'installer dans cet entre-monde. Dans cette bataille sans fin, elle apprendra au fur et à mesure de ses missions, la dure vérité qui est la sienne.