Kiznaiver se déroule dans une ville japonaise futuriste et fictive nommée Sugomori. Tandis que la ville a lair dêtre normale, elle a été en réalité créée pour une expérimentation à grande échelle connue sous le nom de Kizna, qui a pour but de connecter les personnes à travers le partage de la douleur et de la souffrance, physique et émotionnel. Ceux qui sont connectés par ce système sont nommés les Kiznaivers . Quelques jours avant le début des vacances dété, une fille mystérieuse qui semble sans émotion, Noriko Sonozaki, apprend au lycéen Katsuhira Agata et à plusieurs de ses camarades de classes quils ont été sélectionnés pour devenir des Kiznaivers. Partager la douleur des uns et des autres leur permet de construire des liens entre leurs différentes vies et personnalités.