Taiki Kudo est un garçon en classe de cinquième qui aide ceux qui en ont besoin. Un jour, quand les réseaux digitaux se sont mis à dérailler, il a entendu la voix dun Digimon nommé Shoutmon murmurant quil allait bientôt mourir. Cherchant à laider, Taiki obtient un digivice connu sous le nom d Xros Loader et lui, ainsi que ses amis Akari Hinomoto et Zenjirou Tsurugi, sont transférés dans le digimonde où ils rencontrent les alliés de Shoutmon: Ballistamon, Starmon et les Pickmons. En utilisant les pouvoirs de son digivice, Taiki peut aider ces Digimon à se digivolver et fusionner à volonté. Taiki et ses amis sont actuellement les seuls opposant de lEmpire Bagura.