Il y a dix ans, Kagerô et Momiji, deux amis d'enfance, ont vécu l'apparition de L'Encre du Néant qui a ravagé leur ville. Depuis, planant dans le ciel, cette structure menaçante d'origine inconnue semble inoffensive. Un jour, alors que les deux amis sont au lycée, des « dross », projections humanoïdes et sphériques de L'Encre du Néant, s'attaquent à nouveau au monde, exterminant leurs camarades. Happés par un de ces dross, Kagerô et Momiji survivent : lui, en devenant un « ember », un humain aux capacités surhumaines, et elle, en devenant une « Momiji différente », un dross d'un genre nouveau. Pour sauver celle qu'il aime, Kagerô devra s'allier avec l'agence de prévention anti-dross qui étudie L'Encre du Néant et accueille les embers. Ensemble, ils vont combattre cette menace. Kagerô n'hésitera pas à mettre sa vie en péril pour protéger Momiji des dangers qui la guettent… et la rendre humaine à nouveau !