Lhistoire nous plonge dans la vie tumultueuse de Kinji Tôyama, élève en deuxième année dans la section dinvestigation du lycée Butei de Tôkyô (établissement spécialisé dans la formation de détectives armés) dont il espère être transféré, car il aspire à une vie paisible. Tombé dans un piège à la bombe tendu par un tueur en série qui ne sen prend quaux Butei, Kinji est alors miraculeusement secouru par Aria H. Kanzaki, une petite rouquine super-active adepte des combinaisons flingues-katana et as de la section dassaut. Cela rend Kinji mal à laise, car la proximité physique dune fille (notamment de ses charmes…) réveille parfois une force enfouie en lui dont il na pas la maîtrise. Suivi de près par Aria qui se retrouve dans la même classe et qui nhésite pas à squatter chez lui pour lobliger à devenir son partenaire, Kinji va être amené à replonger dans lunivers des Butei, la quête dAria et les tourments de son propre passé…