Kyo Kusanagi et Iori Yagami sont ennemis depuis toujours. Leur destin même est de s'affronter puisque leurs familles sont rivales depuis la nuit des temps. Pourtant, face à une menace supérieure, ils vont devoir s'allier et utiliser leurs meilleures techniques de combat ensemble. En effet, l'organisation criminelle N.E.S.T.S. tente par tous les moyens de dominer le monde. Pour cela, ils n'hésitent pas à enlever Kyo pour le cloner ni à réveiller le dieu maléfique Orochi. Or, ce dernier compte bien se débarrasser de Kyo et Iori, descendants directs des responsables de la précédente défaite d'Orochi !