Mikan et Hotaru sont deux amies d'enfance inséparables. Mikan est une boule d'énergie sur pattes, alors que Hotaru est introvertie au possible, ce qui n'empêche pas les fillettes d'être toujours ensemble. Jusqu'au jour où Hotaru est amenée à poursuivre ses études à l'Académie Alice, un lieu étrange et interdit au public. Triste d'être ainsi séparée de son amie, Mikan décide de la rejoindre en s'inscrivant dans cet établissement. Elle y découvre que tous les élèves possèdent des pouvoirs spéciaux, appelés « Alice ». Et qu'il leur est interdit de sortir de l'école ou de communiquer avec leurs proches ! Si Mikan a néanmoins pu rentrer dans l'école, cela signifierait-il donc qu'elle possède elle aussi un pouvoir particulier ?...