Depuis qu'il est petit, Natsume voit les yôkai (les esprits surnaturels japonais). Ne les appréciant pas particulièrement, il a toujours évité de les fréquenter. Mais voilà que ces derniers temps, les yôkai se mettent à le pourchasser sans qu'il comprenne pourquoi. Et un jour, alors qu'il tente déchapper à lun deux, il pénètre dans un lieu sacré et libère par inadvertance un chat qui avait été enfermé dans un petit sanctuaire. Loin de se montrer hostile comme les autres yôkai, le chat engage la conversation avec Natsume et le questionne à propos d'un carnet qui aurait appartenu à Reiko Natsume. Cette Reiko en question se trouve justement être la grand-mère de Natsume...