Même après avoir apprit la véritable nature du système Sybil, Akane Tsunemori choisit de lui obéir et de croire en l'humanité et à ce système juridique. La société est donc toujours régie par le « Psycho Pass », un procédé de numérisation des émotions et des inclinaisons psychologiques humaines. Au sein de la brigade de Sécurité Publique, chargée d'arrêter les criminels qui enfreignent cette réglementation numérique, Akane Tsunemori et ses équipiers vont être confrontés à une personne pouvant ébranler le système tout entier.