Les hommes qui ont le cœur rempli de ténèbres ont perdu la lumière de leurs yeux. Pendant la nuit, ils perdent de vue leur route. Broyés dans leur désespoir, les humains rencontrent un jour des créatures appelées Hotaru qui portent chacun une lumière chaude et légère. Le Hotaru fournit à lhomme la lumière, et commence à vivre avec lui. Mais dans ce monde laid et sanglant, le nombre dHotaru commence à diminuer de jour en jour. Pourtant, les humains, avides de lumière, ont commencé à chasser les Hotaru. Pour de largent, ils iraient jusquà les sacrifier. Nemu, une Hotaru qui a perdu sa lumière, fait un contrat avec un bébé abandonné, Haibane. Haibane cherche à trouver un moyen de regagner la lumière de Nemu.