Link, jeune garçon vivant dans les Bois Perdu parmi les Kokiris, un peuple de la forêt dHyrule ne vieillissant pas, est le seul enfant du village a ne pas avoir de fée, un esprit protecteur qui accompagne chaque Kokiri. Un matin, il se voit appelé par lArbre Mojo, lesprit protecteur de la forêt, par le biais dune fée Navi. LArbre Mojo lincombe alors dune mission : défaire le monde du joug prochain de Ganondorf, un homme du désert cherchant à semparer du pouvoir des déesses créatrices. Pour ce faire, Link devra rechercher les trois Joyaux Ancestraux afin douvrir les portes de la Terre Sacrée, lendroit que les déesses ont foulé du pied lors de leur descente sur Hyrule, et où se trouve entreposée la Force... Il sera accompagné de Navi, la fée envoyée par lArbre Mojo, et sera aidé à plusieurs reprises par son amie de la forêt, Saria, durant sa quête au fin fond des plaines dHyrule.